La calcita es uno de los minerales más abundantes de la corteza terrestre. Se forma principalmente por la precipitación de carbonato de calcio disuelto en el agua. El agua cargada de minerales va evaporándose o cambiando de temperatura, acumulando capa tras capa hasta cristalizar de forma sólida.
Aunque la calcita pura es incolora o blanca, el agua subterránea durante su proceso de formación suele arrastrar pequeños rastros de otros elementos químicos. En el caso de la calcita amarilla, la coloración se debe a la presencia sutil de hidróxidos de hierro u otras impurezas metálicas naturales atrapadas en la red cristalina mientras el mineral iba creciendo gota a gota.